抗日战争爆发后，中国的自然科学事业进入了艰苦创业、奋发图强的发展阶段。一方面，位于战火前沿的平、津、宁、沪、杭以及冀、鲁、晋、湘、鄂、粤、桂等省市的科研机构，科技人员纷纷向大后方转移，即实行所谓“科学内迁”。在这一“保存民族国脉”的“漂泊”式内迁中，中国科学界付出了巨大的牺牲，图书仪器设备乃至科学家的身心，都受到了严重的损害。[2]另一方面，全国各科学研究机构云集大后方，又为日后科研工作创造了合作研究、密切交流的有利条件，在一定程度上使西迁过程中所遭受的图书资料仪器设备的重大损失有所弥补。
这一时期，大后方的自然科学研究活动具有以下四个方面的显著特点。
第一，内迁后的各院所在不放弃原有科研项目的基础上，纷纷调整研究重心，将主要精力放在应用科学的研究上面。1938年，国民党临时全国代表大会通过的《战时各级教育实施纲要》就指出：“对于自然科学，依据需要，迎头赶上，以应国防与生产之急需。”科学家们根据抗战需要，自觉地完成了科研方向的调整，特别注重科学在国防军事及工业生产方面的应用研究。如化学研究重心转向硝酸、纤维、汽油、酒精、橡胶等方面；物理学则直接注重其在军事上的应用，昆明的北平物理研究所“已经几乎全部改作战争物品的生产”，大量制造显微镜，[3]等等，同时，科研也很自觉地结合西南西北大后方的资源开发，以支援后方工农业的建设。这种战时科研转向是时代的趋势，但随着时间的推移，其弊端也明显暴露出来，正如朱家骅所说：“对于纯粹科学，大学兴趣减少，一切都讲应用，似太过分注重应用科学，而忽略了理论的研究。”英国科学家李约瑟也曾对此种倾向提出过善意的批评。
